坐飞机耳朵会痛是因为飞机起飞和降落的过程中，飞行高度和气压的变化对耳膜和中耳空腔造成压力影响。
当飞机从地面上升到高空时，周围的气压会逐渐减小，而人体内的气压却保持不变。这样一来，耳腔内和外部的气压差会导致耳膜向内凹陷，造成听觉感受器的压迫，引起耳朵不适，甚至疼痛。
另外，飞机在下降阶段时，气压又会快速增加，这时耳膜则会向外鼓胀，同样也会造成不适和疼痛。这种情况称为耳压平衡失调，是最常见的飞机耳鸣和疼痛症状之一。
此外，如果患有感冒、鼻窦炎、过敏性鼻炎等上呼吸道疾病，飞行时会更容易出现耳朵疼痛。因为这些情况下，鼻子和喉部的粘膜会肿胀，容易导致鼻窦或咽鼓管的阻塞，进而影响气压的平衡，导致耳朵疼痛。
如果症状较为严重，也可以考虑使用一些药物如去充血剂或者抗过敏药物，在医生的指导下使用。